Správně provedená dezinfekce se skládá ze 4 kroků:

• příprava stáje - příprava stáje po vyskladnění zvířat spočívá ve vynesení drobné mobilní pracovní techniky, odstranění organického materiálu (trus, krmivo), odstranění prachu z vysoko položených míst, vypuštění podroštových prostor a namáčení.
• čištění
• dezinfekce - dezinfekci provádíme 1-5 hodin po oplachu. Stáj nesmí být ani příliš suchá ani příliš mokrá. Jen  takto dochází k největší redukci počtu mikroorganismů. Příliš suchá stáj - dochází k zaschnutí biofilmu, který chrání baktérie, viry a plísně. Obtížněji se narušuje a odstraňuje. U příliš mokré stáje dochází k ředění koncentrace použitého dezinfekčního přípravku.
• sušení a odpočinek stáje - odpočinek stáje běží jen u řádně umyté, vydezinfikované a suché stáje. Stáj je nutno hermeticky uzavřít a nevstupovat do ní. Ventilace musí být vypnuta. Odpočinek stáje by měl trvat minimálně 4 dny. Na konci tohoto  4. kroku, tj. 24-48 hodin před naskladněním zvířat, je provedena 2. dezinfekce fogováním.